菓子生物は食べ物や生き物などが変異して生まれた存在であると考えられる。この変異を引き起こし、菓子生物を産み出している存在を「起源種（きげんしゅ）」と呼ぶ。起源種は4種類存在し、それぞれが別々の方法で菓子生物を生み出していると思われる。それぞれの起源種が産み出す菓子生物の一群を「眷属（けんぞく）」と呼ぶ。

※情報は随時更新、現時点の研究成果のみを記載

【起源種】

ココア鳥

※翼の採取、養殖に成功　→　ヒトの手 ～ココア鳥の翼～
　本体は捕獲できていない。

変異対象：食べ物（食べ物から産まれた菓子生物も含む）
眷属：アカリンゴタコ、マシュマロチョコガメ、バースデーケーキマイマイ、ココアモチガエル、キャラメルミノムシ、イモクイベッコウゼミ、マドレーヌ貝、ミカンパンカリ、カカオマンドレイク、ミジンチョコ、チョコカブトガニ、チョコレートクラッパー、コサジサンショウウオ、ハバシリ、チャバコアラ、ポップホーン、レオタルト、ペンチョコポーク、バターカタヌキ、ブルーカタヌキ、エスプレッソワラビー、ドードーナツ、チズリ、オニマメウチ、イチゴメンダコ、ワタアメカイコ、カパンなど...

アマガミ

※サンプルを入手済み、完全な本体は確認できていない。

変異対象：生き物（組織の一部だけでも変異させることが可能）
眷属：ヤヨイリス、チコリウサギ、シュガーバタービーバー、タピオカイヌ、ミルクノミウシ、フンカウミウシ、ディップパンダ、ナイトライトカメレオン、バニラガゼル、ヨダレドリ、マンリキソウ、コンバットタニシ、アウトサイダータニシ、カワガリ、ロールケーキスパイダー、キョウソウジカ、アメミツギ、ムジュン、キャラメルモモンガ、レモンアジ、リュウノミなど...

スーパーブルー

※いくつかの菓子生物の体から特殊な青い物質を発見した。この物質は地球上には存在しない成分を含んでいるため、地球外由来の起源種が存在すると考えられる。

変異対象：食べ物、生き物（食べ物、生き物から産まれた菓子生物も含む）
眷属：ニセチョコカブトガニ、スノーメーカー、ホシコボシ、キメラポンチなど...

？？？

※上記3種では説明がつかない不思議な生態をもった菓子生物がいることから、4種類目の起源種が存在すると考えられる。

変異対象：あらゆる物質
眷属：黒中卵白龍、フルーツシーサーなど...